"Und alle haben geschwiegen" erzählt die große Liebesgeschichte des jungen Mädchens Luisa, die im kirchlichen Erziehungsheim auf ihren Leidensgenossen Paul trifft.
Hier erfahren sie beide, die ganze Härte des Systems, werden seelisch und körperlich misshandelt. Besonders Schwester Ursula scheint es auf Luisa abgesehen zu haben. Während Luisa rebelliert, plant Paul ihre Flucht.
Doch ihre Freiheit währt nur wenige Stunden.
Im Berlin des Jahres 2008 treffen Luisa und Paul nach 44 Jahren erneut aufeinander. Beide haben bisher über ihre Erlebnisse geschwiegen und sich in die Verdrängung geflüchtet. Doch Luisa sieht für sich den Zeitpunkt gekommen, ihr Schicksal öffentlich zu machen und sich damit ihrer Vergangenheit zu stellen.
Die im Film erzählte fiktive Geschichte ist inspiriert von Peter Wensierkis "Schläge im Namen des Herrn". Sein Sachbuch löste ab 2006 eine breite politische und gesellschaftliche Debatte aus und führte zur Gründung eines Runden Tisches unter Antje Vollmer.