1964 kämpft die schwarze Bevölkerung im US-Bundesstaat Mississippi mit wachsendem Erfolg für Gleichberechtigung. Dann aber verschwinden eines Nachts in der Kleinstadt Jessup County drei führende Vertreter der Bürgerrechtsbewegung - es besteht kaum Zweifel daran, dass sie von fanatischen Anhängern des rassistischen Ku-Klux-Klans ermordet wurden. Von den Leichen fehlt jede Spur.
Das FBI schickt zwei Spezialagenten nach Jessup County: Der junge Alan Ward ist ein intellektueller und idealistischer Harvard-Absolvent, Rupert Anderson ein abgebrühter und zynischer Ex-Sheriff. Er ist in Mississippi aufgewachsen und weiß aus Erfahrung, wie man den Leuten dort begegnet. Bei den zuständigen Behörden der Südstaaten-Kleinstadt stoßen die beiden Agenten auf starken Widerstand. Vor allem der einflussreiche Sheriff Stuckey und sein undurchsichtiger Stellvertreter Pell lassen Ward und Anderson spüren, dass ihre Nachforschungen unerwünscht sind.
Zugleich lösen die FBI-Ermittlungen immer brutalere Reaktionen seitens des Ku-Klux-Klans aus. Häuser brennen, Schwarze werden überfallen, entführt und grausam misshandelt. Zwar sind Ward und Anderson überzeugt, dass auch der Polizeichef und seine Männer mit den Geheimbündlern unter einer Decke stecken, aber beweisen können sie es nicht. Als die Gewalt eskaliert, beschließen die beiden, mit härteren Methoden gegen das dichte Netz aus Rassismus und Hass vorzugehen. Tatsächlich erzielen sie erste kleine Erfolge. Um endlich an die Drahtzieher heranzukommen, versucht Anderson, Pells junge Ehefrau dazu zu bewegen, die Gewalttaten ihres Mannes nicht länger zu decken. Das hat fatale Konsequenzen ...