Im England des frühen 11. Jahrhunderts muss der junge Halbwaise Rob Cole hilflos mit ansehen, wie seine Mutter an einer unheilbaren Krankheit stirbt. Das Erlebnis prägt ihn nachhaltig.
Rob schließt sich einem fahrenden Bader an, der ihn in das medizinische Halbwissen des Mittelalters einweiht. - Regisseur Philipp Stölzl verfilmt Noah Gordons Weltbestseller "Der Medicus" als bildgewaltige Reise ins Mittelalter.
Als der Wanderheiler allmählich sein Augenlicht verliert, übernimmt sein Zauberlehrling Rob bald die "Behandlungen" - für die Patienten eher schmerzhafte als heilsame Prozeduren. Von einem jüdischen Medicus, der dem fast Erblindeten durch einen kunstvollen Eingriff das Augenlicht wiedergibt, erfährt Rob, dass es außer seinem bescheidenen Wissen eine sehr viel weiter entwickelte Heilkunst gibt. Elektrisiert macht er sich auf den Weg in die persische Stadt Isfahan, wo der sagenumwobene Ibn Sina Medizin lehrt. Dank seiner erstaunlichen Fähigkeiten avanciert Rob bald zum Meisterschüler des Universalgelehrten.
Als in Isfahan die Pest wütete, findet Rob heraus, dass Rattenflöhe den Erreger übertragen. Dank seiner Entdeckung wird die Epidemie eingedämmt. Ein phänomenaler Erfolg, doch der gefeierte Mediziner ist nicht zufrieden. Rob will das Geheimnis jener unheilbaren Krankheit lüften, an der auch seine Mutter starb. Trotz ausdrücklichen Verbots seines Lehrmeisters obduziert Rob heimlich eine Leiche und beginnt zu verstehen, dass die berüchtigte "Seitenkrankheit" eine Blinddarmentzündung ist. Mit diesem Wissen rettet er sogar dem Schah das Leben.
Doch er wird an die Mullahs verraten, fanatische Koraneiferer, in deren Augen Ibn Sina und seine Schüler sich gegen Gott versündigen. Mit dem Überfall der kriegerischen Seldschuken, die den Mullahs zur Seite stehen, endet in Isfahan die Epoche der freien Wissenschaft. Ibn Sina verübt Selbstmord. Im letzten Moment rettet Rob seine große Liebe Rebecca aus den Fängen ihres Gatten, der die Ehebrecherin nach alter Tradition steinigen will. In ihrer Begleitung kehrt der Medicus nach England zurück, wo er seine Kenntnisse in den Dienst der freien Forschung stellt.