Im Jahr 1857 flüchtet eine Gruppe Aufständischer um den geheimnisvollen Nemo aus einer Strafkolonie in Indien. Sie nehmen ein neuartiges Gefährt in Beschlag: das U-Boot Nautilus. Die mächtige British East India Trading Company hat das U-Boot ohne Wissen der Regierung von den Sträflingen bauen lassen. Als der Architekt Benoit erfährt, dass es nicht nur wissenschaftlichen Zwecken dienen soll, schließt er sich den Flüchtenden an. Nemo (Shazad Latif), der sich mit Benoit (Thierry Frémont) angefreundet und ihn maßgeblich bei der Konstruktion des U-Boots unterstützt hat, übernimmt nun die Rolle des Kapitäns. Als sich der Nautilus ein Schiff der Company nähert, lässt er es kurzerhand rammen. Die Verfolger geraten in Seenot. Nemo holt Humility Lucas (Georgia Flood), deren Begleiterin Loti (Céline Menville) und den jungen Blaster (Kayden Price) aus den Rettungsbooten an Bord. Alle anderen müssen zusehen, wie sie sich selbst aus ihrer misslichen Lage befreien. Company-Direktor Crawley (Damien Garvey) ist außer sich und schwört Rache.